Yayasan Pondok Modern Al-Rifa’ie berdiri tanggal 9 september 1999 yang bertempat pada Jalan Raya Ketawang N0. 02 Gondanglegi Malang, dengan berbasis modern ini didirikan oleh Almaghfurlah KH. Achmad Zamachsyari. Dengan perjuangan dan kegigihan beliau dari Pondok Modern Al-Rifa’ie 2 yang bertempat tidak jauh dari pondok Al-Rifa’ie 1 yaitu Jalan Raya Ketawang No. 02 Gondanglegi Malang.
Pondok Modern Al-Rifa’ie 2 yang sekarang di asuh oleh Almukarrom DR. KH. Ahmad Muflih Zamachsyari, S.E., MM. dan DR. Ny. Hj. Luluk Zahrotul Maulidiyah, M. Pd. Senantiasa berorientasi untuk mewujudkan pendidikan Pondok Modern Al-Rifa’ie 2 dengan pendidikan formal dan diniyah dalam satu manajemen dengan prioritas kebutuhan pendidikan masa depan.
Untuk itu sekolah SDS Modern Al-Rifa’ie berdiri pada tahun 2014, bertempat pada Pondok Modern Al-Rifa’ie 2 di jalan Raya ketawang No. 2 Gondanglegi Malang. SDS Modern Al-Rifa’ie sebagai daya tarik baru sebagai wadah mendidik anak dalam usia dini dengan berbasis penggabungan antara formal dan agama islam yang sangat cocok untuk membentuk karakter anak dalam usia dini karena SDS Modern Al-Rifa’ie bertempat di dalam lingkungan pesantren. Dalam rangka meningkatkan daya saing dan mempersiapkan sumber daya lulusan yang berkualitas pada sekolah ini, Oleh karena itu diperlukan sebuah analisa untuk mempersiapkan kebutuhan tersebut yang diselaraskan dengan visi, misi dan tujuan dari lembaga.